Cette semaine, j'ai reçu un mail des impôts. Peut-être que toi aussi, d'ailleurs. Le genre de mail qui te fait peur avant même de l'ouvrir. En gros : assurez-vous d'être prêt pour la facturation électronique.

Ma première réaction : c'est quoi encore ce truc. Je suis exonéré de TVA sur presque tous mes actes, ça me concerne pas.

Sauf qu'en fait, si. Un peu quand même.

Et quand j'ai reçu dans la foulée un mail de mon comptable avec une offre à plusieurs euros par mois pour "être en conformité", je me suis posé la seule question qui m'intéressait vraiment : est-ce que je vais devoir payer pour ça ?

J'ai creusé. Et j'ai découvert que je me trompais, mais pas dans le sens que je croyais. Cet article, c'est le résultat de ce que j'ai vérifié, sources officielles à l'appui. À la fin, tu sauras si tu es concerné, ce qui est vraiment obligatoire pour un médecin, ce qui ne l'est pas, et comment te mettre en règle sans payer un abonnement de plus.

L'essentiel en 30 secondes

QuestionRéponse
Suis-je concerné, même exonéré de TVA ?Oui
Dois-je émettre des factures électroniques ?Dans la plupart des cas, non
Dois-je pouvoir en recevoir ?Oui, obligatoire
À partir de quand ?1er septembre 2026
Est-ce que ça coûte forcément quelque chose ?Non, des plateformes agréées gratuites existent

En une ligne : émettre, souvent non. Recevoir, oui, dès le 1er septembre 2026. La suite détaille pourquoi, et surtout comment t'y mettre sans frais inutiles.

La facturation électronique, c'est quoi exactement

La facturation électronique, c'est l'obligation d'émettre et de recevoir tes factures professionnelles dans un format structuré et normé, qui transite par une plateforme agréée par l'État, au lieu d'un PDF envoyé par mail ou d'une facture papier.

Une facture électronique au sens de la réforme, ce n'est donc pas un PDF. C'est un fichier contenant des données normalisées (émetteur, destinataire, montants, TVA), dans un format informatique lisible par les logiciels, qui circule via une plateforme agréée, en abrégé PA.

Ces plateformes sont des prestataires privés immatriculés par la DGFiP. Elles s'appelaient auparavant PDP (plateformes de dématérialisation partenaires), le nom a changé en 2025, le rôle est le même. Les noms des formats techniques, tu peux les oublier : c'est la plateforme qui s'en occupe.

Ce que cherche Bercy avec ça, c'est lutter contre la fraude à la TVA, et à terme pré-remplir les déclarations.

Côté calendrier, deux dates. Au 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent être capables de recevoir des factures électroniques, et les grandes entreprises et ETI doivent commencer à en émettre. Au 1er septembre 2027, l'obligation d'émission s'étend aux PME, TPE et micro-entreprises.

Retiens surtout la première date. Pour un cabinet libéral, c'est la seule qui compte vraiment.

Un médecin exonéré de TVA est-il concerné par la facturation électronique ?

Mon intuition de départ, et probablement la tienne : "mes actes sont exonérés de TVA, donc je suis hors sujet."

C'est faux. Et c'est le truc à comprendre.

Les soins que tu dispenses sont exonérés de TVA par l'article 261, 4-1° du Code général des impôts. Consultations, actes techniques, chirurgie, tout le conventionné classique. Mais être exonéré, ça veut dire que tu ne factures pas la TVA. Ça ne veut pas dire que tu es en dehors du champ de la TVA. Juridiquement, tu restes un assujetti. Le fisc te range parmi les assujettis non redevables : tu exerces une activité économique de manière indépendante, donc tu es dans le périmètre de la réforme.

Et ça ne dépend ni de ton régime, ni de ta structure, ni de ton mode d'exercice. Micro-BNC ou BNC au réel, entreprise individuelle ou SELARL, installé en cabinet, en SCM ou remplaçant : la réforme te concerne de la même manière.

La bonne nouvelle, c'est que tes obligations sont bien plus légères que celles d'une entreprise classique. Mais il faut séparer deux choses que tout le monde mélange : émettre des factures, et en recevoir.

Un médecin doit-il émettre des factures électroniques ? Dans la plupart des cas, non

Tes actes de soins exonérés de TVA sont dispensés de l'obligation de facturation électronique. Pas d'émission de factures électroniques pour tes consultations, et pas non plus de e-reporting (la transmission périodique de données à l'administration) sur ces actes thérapeutiques.

Concrètement, rien ne change dans ta pratique quotidienne. La feuille de soins, la carte Vitale, la télétransmission à l'Assurance Maladie : ce circuit SESAM-Vitale est totalement distinct de la réforme et reste exactement le même.

Si tu fais uniquement du soin conventionné, tu peux donc retenir une seule chose : en principe, tu n'auras rien à émettre. Les deux cas particuliers qui suivent ne te concernent pas, tu peux passer directement à la section suivante.

Cas particulier : tu as une activité taxable à côté (esthétique, expertises)

Certaines activités sont dans le champ de la TVA, même exercées par un médecin : les actes esthétiques non remboursés, les expertises (assurances, judiciaires), certaines formations ou conférences rémunérées.

Pour ces opérations, les nouvelles obligations arrivent au 1er septembre 2027. Quand ton client est un particulier, comme l'esthétique facturée à tes patients, ce sera du e-reporting : la transmission périodique des montants à l'administration, pas une facture électronique.

Cas particulier : tu as un collaborateur

Là, il y a une subtilité que pas mal de médecins vont découvrir trop tard.

D'abord, ne confonds pas remplacement et collaboration. La redevance que tu perçois d'un remplaçant dans le cadre d'un remplacement occasionnel (congés, maladie, formation) n'est pas soumise à la TVA, l'administration fiscale l'admet expressément. Rien ne change pour toi.

La redevance de collaboration, elle, est dans le champ de la TVA. Tu ne la collectes que si tes recettes taxables dépassent le seuil de franchise en base, fixé à 37 500 € en 2026 pour les prestations de services. Et attention à la frontière : un "remplacement" de longue durée qui ressemble en réalité à une collaboration peut être requalifié, le Conseil d'État vient de le confirmer en 2025.

Maintenant, ce que ça change pour la facturation électronique. Ton collaborateur est un professionnel, donc l'opération est considérée comme du B2B au sens de la réforme. À partir du 1er septembre 2027, la facture de redevance que tu lui adresses chaque mois devra donc être émise au format électronique, via ta plateforme agréée.

Et le piège est là : être sous la franchise ne t'en dispense pas. La franchise te dispense de collecter la TVA, pas d'émettre la facture. Concrètement, ce sera une facture électronique sans TVA, portant la mention "TVA non applicable, article 293 B du CGI". Exactement comme ta facture de redevance actuelle, mais au format normé et via le réseau des plateformes agréées.

Si tu es dans ce cas, ça change un critère de choix pour la suite : il te faut une plateforme qui gère la réception et l'émission. Bonne nouvelle, les offres gratuites citées plus bas font les deux.

Ta situationÉmettreRecevoir
Soins exonérés uniquementNonOui, dès septembre 2026
Activité taxable facturée aux patients (esthétique)Non, e-reporting dès septembre 2027Oui, dès septembre 2026
Redevance de collaborationOui, dès septembre 2027Oui, dès septembre 2026

Là, tu te dis sûrement que tu es tranquille. Sauf qu'il reste l'autre moitié.

Recevoir des factures électroniques : oui, pour tout le monde, dès septembre 2026

À partir du 1er septembre 2026, tout assujetti, y compris exonéré, doit être en capacité de recevoir ses factures fournisseurs au format électronique. C'est la partie de la réforme qui s'applique à tout le monde, et c'est celle qui te concerne directement.

Parce que des factures de fournisseurs assujettis à la TVA, tu en reçois forcément : électricité, téléphone, logiciel médical, matériel, loyer du cabinet, expert-comptable.

À partir de septembre 2026, ces fournisseurs cesseront progressivement de t'envoyer un PDF par mail ou une facture papier. Leurs factures transiteront par le réseau des plateformes agréées, et arriveront à l'adresse de réception que tu auras déclarée.

Pour recevoir, il faut donc être raccordé à une plateforme agréée, référencée dans l'annuaire central des entreprises. C'est l'obligation qui touche à peu près tout le monde. Toi si tu exerces en libéral, et moi aussi.

Si tu ne dois retenir que trois choses

Oui, tu es concerné, même exonéré de TVA.

Émettre, en principe, tu n'auras pas à le faire, et tes feuilles de soins ne changent pas.

Recevoir, oui, tout le monde, à partir du 1er septembre 2026, via une plateforme agréée.

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Quelle plateforme agréée choisir quand on est médecin (et comment se mettre en règle sans payer)

Une fois compris ça, je ne me posais plus la question "que dit la réforme ?". Je me demandais juste : concrètement, qu'est-ce que je vais utiliser pour recevoir mes factures sans payer un abonnement de plus ?

Première chose : obligatoire ne veut pas dire payant. La réforme impose d'être raccordé à une plateforme agréée. Elle n'impose pas de payer pour ça. Et c'est là que les offres commerciales qui arrivent en ce moment dans ta boîte mail méritent qu'on prenne deux minutes avant de payer. Certaines facturent l'accès à la conformité entre 9 et 15 € par mois. D'autres plateformes, tout aussi immatriculées par la DGFiP, proposent la même conformité gratuitement, parce qu'elles se rémunèrent sur d'autres services (comptabilité, compte pro).

Un truc à savoir : le portail public de facturation, que l'État devait initialement proposer comme solution gratuite, a été recentré en 2024 sur un rôle d'annuaire et de concentrateur de données. Il ne permet pas de recevoir tes factures. Passer par une plateforme agréée privée est donc le seul canal, mais certaines sont gratuites.

Que faire concrètement avant le 1er septembre 2026 ?

Ça se règle en trois étapes.

D'abord, clarifie ta situation : soit tu fais uniquement du soin exonéré, et ta seule obligation est la réception, soit tu as une activité taxable à côté, et il faudra aussi traiter l'émission ou le e-reporting sur cette fraction en 2027.

Ensuite, choisis une plateforme agréée. La DGFiP publie la liste officielle des plateformes agréées sur impots.gouv.fr, régulièrement mise à jour (plus de 150 immatriculées à l'heure où j'écris). Vérifie que celle que tu envisages y figure, c'est la seule garantie qui compte. Si tu as un expert-comptable, demande-lui aussi avec quelle plateforme son cabinet travaille : choisir une solution compatible évite les ressaisies.

Enfin, active la réception et fais un test. L'inscription se fait en ligne avec ton SIREN, la déclaration dans l'annuaire est en général automatique.

Rien ne t'oblige à choisir la même solution que moi. Le but, c'est que tu comprennes ce qui est vraiment obligatoire, pour ne pas payer un outil dont tu n'as pas besoin.

Moi, j'ai testé Indy pour la compta, et ils font aussi la facturation électronique gratuitement, en tant que plateforme agréée par la DGFiP. Pour être transparent, c'est un lien de parrainage : un mois offert pour toi si tu prends une offre payante, un petit avantage pour moi. De mon côté, j'utilise Tiime au quotidien. Les deux se valent pour ce qui nous concerne, et il y en a d'autres sur la liste officielle : compare.

Le vrai sujet derrière cette réforme

Et pour finir, ce que cette histoire m'a rappelé.

Quand le mail des impôts est arrivé, ma première réaction a été de chercher un outil. Quand l'offre de mon comptable est arrivée, ma question est devenue "combien ça coûte". À aucun moment, au départ, je n'avais pris dix minutes pour comprendre ce que la réforme m'imposait réellement. Résultat : j'étais à deux doigts de payer un abonnement pour une obligation qui, dans mon cas, se règle gratuitement.

On passe souvent plus de temps à chercher le bon outil qu'à comprendre le problème qu'il est censé régler. Une erreur que j'ai faite au début avec mes finances perso, d'ailleurs : comparer des produits, des enveloppes, des courtiers, avant même d'avoir compris ce que je cherchais à faire. Sur la facturation électronique, l'erreur coûte quelques euros par mois. Sur ton patrimoine, elle se chiffre autrement.

Donc, concerné par la facturation électronique en tant que médecin ? Oui. Mais beaucoup moins que ce que les offres commerciales te laissent croire. Une obligation de réception en septembre 2026, une plateforme agréée à choisir, potentiellement gratuite, et dans la plupart des cas rien à émettre. Comprendre avant de payer, ça vaut ici, et ça vaut pour tout le reste.

Tu sais maintenant ce que cette réforme t'impose vraiment.

Chaque dimanche, j'envoie le même type d'explication sur ce qui touche à l'argent des médecins libéraux : fiscalité, prévoyance, investissement. En clair, à partir des textes officiels.

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FAQ : facturation électronique et médecin libéral

Un médecin en micro-BNC est-il concerné par la facturation électronique ?

Oui. Le régime fiscal (micro-BNC, BNC au réel) et la structure (entreprise individuelle, SELARL) ne changent rien : tout professionnel libéral est un assujetti à la TVA, même exonéré, et doit pouvoir recevoir des factures électroniques à partir du 1er septembre 2026. En revanche, s'il ne réalise que des actes de soins exonérés, il n'a aucune obligation d'émission.

Est-ce que mes feuilles de soins deviennent des factures électroniques ?

Non. Les feuilles de soins électroniques transitent par le réseau SESAM-Vitale entre toi et l'Assurance Maladie. C'est un circuit totalement distinct de la facturation électronique, qui concerne les échanges entre entreprises via les plateformes agréées. Ta télétransmission ne change pas.

Les patients sont-ils concernés par la facturation électronique ?

Non. La réforme organise les échanges de factures entre professionnels, via les plateformes agréées. Tes patients ne verront aucun changement : pas de facture électronique pour une consultation, et la feuille de soins reste la feuille de soins.

Je fais un peu d'esthétique ou des expertises : qu'est-ce que ça change ?

Ces opérations sont dans le champ de la TVA. À partir du 1er septembre 2027, elles seront soumises soit à l'émission de factures électroniques (clients professionnels), soit au e-reporting (patients particuliers). Être sous le seuil de franchise en base (37 500 € de recettes taxables en 2026) te dispense de collecter la TVA, mais pas de ces obligations. Le soin exonéré, lui, reste en dehors.

Les redevances de remplacement ou de collaboration sont-elles concernées ?

Pas de la même façon. La redevance perçue dans le cadre d'un remplacement occasionnel n'est pas soumise à la TVA (tolérance administrative expresse) et reste en dehors du dispositif. La redevance de collaboration, elle, est dans le champ de la TVA : tu ne la collectes qu'au-delà du seuil de franchise en base (37 500 € de recettes taxables en 2026), mais comme ton collaborateur est un professionnel, tu devras émettre ta facture de redevance au format électronique à partir du 1er septembre 2027, même sous la franchise (facture sans TVA, mention "TVA non applicable, article 293 B du CGI"). Si tu as un collaborateur, ou un remplacement de longue durée qui ressemble à une collaboration, fais le point avec ton expert-comptable.

Une SCM doit-elle aussi s'équiper ?

Oui. Une société civile de moyens est un assujetti comme les autres : elle doit au minimum pouvoir recevoir ses factures fournisseurs au format électronique dès septembre 2026. Selon la nature de ses refacturations aux praticiens, certaines opérations peuvent en plus être taxables.

Faut-il obligatoirement payer une plateforme agréée ?

Non. L'obligation, c'est d'être raccordé à une plateforme agréée immatriculée par la DGFiP, pas de payer. Plusieurs plateformes de la liste officielle proposent une offre gratuite couvrant la réception (et l'émission si besoin), en se rémunérant sur d'autres services. Vérifie simplement l'immatriculation sur impots.gouv.fr avant de t'engager.

Les tickets de caisse et les petits achats de moins de 150 € sont-ils concernés ?

Non, rien ne change pour eux. Pour les achats du quotidien réglés en caisse (fournitures, parking, repas, petit matériel), le ticket de caisse reste un justificatif comptable valable en dessous de 150 € HT : cette tolérance administrative existait avant la réforme et elle est maintenue. Attention à ne pas généraliser : ça vaut pour les tickets et notes, pas pour tes vraies factures fournisseurs (téléphone, logiciel, électricité), qui passeront par ta plateforme agréée quel que soit leur montant.

Que se passe-t-il si je ne fais rien d'ici septembre 2026 ?

Des sanctions sont prévues par les textes, mais le vrai risque est d'abord pratique : tes fournisseurs basculeront leurs factures sur le réseau des plateformes agréées, et si tu n'as pas d'adresse de réception déclarée, tu risques de ne plus recevoir correctement tes factures, avec les complications comptables qui vont avec. Choisir et déclarer une plateforme suffit à te mettre en règle pour la réception.

Cet article reflète mon expérience personnelle et a une vocation purement éducative. Je ne suis ni expert-comptable, ni conseiller fiscal, ni conseiller en investissements financiers (CIF). Les règles mentionnées sont celles en vigueur à la date de publication et peuvent évoluer. Chaque situation étant différente (nature de tes actes, structure d'exercice, remplacements, activités annexes), vérifie la tienne avec ton expert-comptable ou un professionnel habilité avant toute décision.

Sources : Article 91 de la loi de finances pour 2024 et décret n° 2024-266 du 25 mars 2024 (calendrier : réception généralisée au 1er septembre 2026, émission PME/TPE/micro au 1er septembre 2027). Article 261, 4-1° du Code général des impôts (exonération de TVA des soins dispensés par les professions médicales et paramédicales réglementées). DGFiP, impots.gouv.fr (liste officielle des plateformes agréées ; recentrage du portail public de facturation sur l'annuaire, 2024). BOFiP, BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10 et rescrit BOI-RES-TVA-000056 (redevance de remplacement occasionnel non soumise à la TVA ; redevance de collaboration soumise à la TVA). Conseil d'État, 22 juillet 2025, n° 497331. Francenum.gouv.fr, guide facturation électronique et notes de frais, 2026 (tolérance maintenue pour les justificatifs inférieurs à 150 € HT). Service-Public Entreprendre, fiche F21746 (franchise en base de TVA : seuil 37 500 € pour les prestations de services en 2026).